FTP katmanı klasörlerin ve dosyaların yazılabilir olmasını gerektirmeden dosya işlemleri (eklenti kurma ya da ana yapılandırma dosyasını güncelleme gibi) yapılmasını sağlar. Bu durum Linux ve diğer Unix tabanlı altyapılardeki dosya izinlerine bağlıdır. Site yöneticisinin hayatını kolaylaştırır ve site güvenliğini arttırır.

''Yardım->Sistem Bilgisi" menüsününün altında yer alan "Klasör İzinleri" alt menüsünden dosyaların yazılabilir olup olmadıklarını denetleyebilirsiniz. FTP katmanı etkinleştirildiğinde tüm klasörler kırmızı olsa bile, Joomla! dosya işlemlerini gerçekleştirir.

NOT: FTP katmanı Windows sağlayıcı/sunucularda gerekli değildir.